У 1619 році костел св. Анни, що існував в Микулинцях, принаймні, з кінця XVI століття та згадувався 1615 року, був знищений під час турецько-татарського нападу. Пізніше постала тут каплиця (ймовірно, дерев'яна), що станом на 1677 рік обслуговувалась священниками Кам'янець-Подільської дієцезії (одне богослужіння на тиждень). 1718 року занотовано дерев'яний храм під титулом св. Йоана Хрестителя, який збудували раніше, бо парафія у Микулинцях вважається заснованою до 1715 року.